Saint Priest Analyse De Réseaux Phylogéographiques Et Commerciaux Des Sérotypes SAT 1 Et SAT 2 Du Virus De La Fiè Fran

Job description

NOTRE ENTREPRISE Proposer des traitements innovants en Santé Humaine et Animale – c’est l’engagement de Boehringer Ingelheim depuis plus de 130 ans. Boehringer Ingelheim est une entreprise familiale, engagée dans la recherche et développement, et qui figure parmi les 20 premières entreprises du médicament au monde. Nos collaborateurs créent tous les jours de la valeur par l’innovation dans les domaines de la Santé Humaine, de la Santé Animale et la fabrication de produits biopharmaceutiques en sous-traitance. Le site industriel de Saint Priest (69) composé de 700 personnes, situé au sein du Parc Technologique, recrute un(e) stagiaire en Analyse de réseaux phylogéographiques et commerciaux des sérotypes SAT1 et SAT2 du virus de la fièvre aphteuse (H/F). LE POSTE Contexte La fièvre aphteuse est l’une des maladies animales transfrontalières les plus importantes sur le plan économique dans le monde. Les épidémies peuvent gravement affecter la production de bétail et déclencher des restrictions majeures sur le commerce national et international. Alors que les sérotypes SAT1 et SAT2 du virus de la fièvre aphteuse (FMDV) étaient historiquement confinés principalement à l’Afrique, ces dernières années ont vu leur émergence dans de nouvelles régions dont l’Afrique du Nord, le Moyen-Orient et, pour SAT1, l’Europe et l’Asie. L’expansion rapide de SAT1 signalée depuis 2025 souligne la nécessité de mieux comprendre les mécanismes qui sous-tendent la dissémination des virus à longue distance. Ce stage a pour objectif d’étudier les mécanismes régissant la dissémination des virus à longue distance grâce à une approche phylogéographique basée sur les données de séquences virales des virus SAT1 et SAT2. En comparant les réseaux inférés à partir de l’évolution virale avec les réseaux officiels de commerce du bétail caractérisés dans une étude précédente, le projet améliorera notre compréhension des voies de transmission et soutiendra l’identification des zones prioritaires pour la surveillance des maladies. Ce stage offre l’opportunité de : • Travailler sur un défi international de santé animale très pertinent. • Collaborer avec des experts en bio-informatique et en épidémiologie. • Contribuer à la recherche grâce à l’opportunité de publier les résultats obtenus dans une publication scientifiques. • Développer des compétences précieuses à l’interface de la génomique, de l’épidémiologie et de la surveillance des maladies infectieuses. Tâches et responsabilités Le/la stagiaire sera accueilli(e) au sein des services bio-informatique et épidémiologie, composés de 8 collaborateurs. Il/Elle bénéficiera d’un accompagnement personnalisé pour la prise en main de ses missions, la découverte de son environnement de travail et l’utilisation des outils nécessaires à la bonne réalisation de ses activités. Vos principales missions seront de : • Compiler et organiser un jeu de données de séquences FMDV SAT1 et SAT2. • Collecter et harmoniser les métadonnées associées, y compris le pays, la date d’échantillonnage, l’espèce hôte et le topotype. • Effectuer un contrôle de qualité des séquences, des alignements de séquences multiples et des analyses phylogénétiques exploratoires. • Effectuer une reconstruction phylogénétique à l’échelle du temps et une inférence phylogéographique bayésienne. Construire des réseaux phylogéographiques décrivant la diffusion virale entre les pays. • Identifier les pays sources potentiels, les centres de transmission et les principaux couloirs de diffusion, et comparer les réseaux phylogéographiques avec les réseaux officiels de commerce du bétail en utilisant des approches d’analyse de réseau. • Contribuer à la communication scientifique par des présentations orales et la préparation d’une première version de manuscrit pour publication dans une revue internationale à comité de lecture. Exigences Vous préparez actuellement un diplôme de niveau BAC+5 dans le domaine de la bio-informatique, la biologie computationnelle, biologie évolutive, science des données ou dans un domaine équivalent. C’est un plus si vous justifiez d’une première expérience en évolution moléculaire, phylogénétique et/ou épidémiologie des maladies infectieuses. Également, c’est un atout si vous avez la capacité d’analyser des jeux de données biologiques et des séquences génétiques. Compétences attendues Anglais : niveau C1/C2 (échanges avec les équipes à l’international) Logiciels : Analyse de données et programmation scientifique (R et/ou Python, scripts Bash). C’est un plus si vous avez déjà travaillé sur un cluster de calculs haute performance (HPC). Doté(e) d’un excellent sens du relationnel, vous faites preuve de rigueur, d’organisation et appréciez le travail en équipe. Ces qualités vous permettent de collaborer efficacement avec différents interlocuteurs, d’être force de proposition et de contribuer activement à la réussite des projets qui vous sont confiés. Date de début : Janvier 2027 Lieu du stage : Saint-Priest (69) Durée du stage : 6 mois CONDITIONS DE TRAVAIL Avantages : restaurant d’entreprise, CSE, prime transport Accessibilité : desservi par les transports en commun Boehringer Ingelheim encourage la diversité en s’engageant notamment dans l’insertion et l’accompagnement des personnes en situation de handicap Apply now » Find similar jobs: Data Privacy © 2010-2025 Boehringer Ingelheim GmbH. All rights reserved